Még 1543-ban a török szultán hat magyar lelkészt rendelt „a gyaurok lelki gondozására”, egynek nevét tudjuk: Tapolcsányi János. 1595-ben, amikor a város ideiglenesen megszabadul, akkor a felmentõ katonák kálvinistákat is találnak a városban, lelkészük ismeretlen. A tényt onnan tudjuk, hogy Kutassy János érsek 1599-ben Nagyszombatból levelet küldött Mátyás fõhercegnek Bécsbe, és kérte, hogy Esztergomból távolítsa el az eretnek prédikátorokat, akiket valószínûleg katonatisztek hívtak és tartottak. Szuhaji István püspök 1603-ban jelenti, hogy „személyesen vetette ki az eretnek hitszónokot.” Feltevés szerint a vízivárosi templomot alakították át református templommá, de 1603-ban ezt „visszaállították”.

A pilismaróti református gyülekezet az elsõ, amelyrõl adataink vannak. A dolgozat szerint az 1549–1595 közötti már voltak reformátusok a településen. Buda visszavétele után elûzték a református lelkészt. A Rákóczi-szabadságharc idején a templom újra a reformátusoké, de nem sokáig. „A pilismaróti református egyház volt otthona az esztergomi és környéki reformátusoknak és evangélikusoknak is.” A lábatlani református gyülekezet is az elsõk közé tartozik e tájon. Még a Tata körzetében élõ evangélikusok is sokáig itt találtak otthonra. Bél Mátyás „sárisápi lutheránusokról” ír, akik feltehetõleg 1715 után költözhettek ide. Károly és Mária Terézia uralma után II. József türelmi rendelete hoz változást, megújulnak az Esztergom környéki református gyülekezetek is. Igaz, hogy az ezutáni idõre esik az esztergomi fõegyházmegye erõsödése is, mégis a légkör valamivel szabadabbá vált.

Az 1848/49-es szabadságharcnak történetét csak érintjük, nem tudunk közvetlen esztergomi kapcsolatról. Molnár Gyula említi, hogy az evangélikus egyház hogyan állt a küzdelem mellé, a katolikussal ellentétben. Horváth Mihály csanádi püspök volt az egyetlen, aki - már elõtte is, és a szabadságharc idején is - úgy nyilatkozott, hogy, ha az egyház most félreáll, a hívek is félreállnak majd. 1873-ban a belügyminisztérium azt javasolta, hogy Esztergom és Komárom vármegyét Komárom székhellyel egyesíteni kell. Révkomáromról volt szó, ahol akkor már nagy református és evangélikus gyülekezetek éltek. Esztergom vármegye és az érsekség erélyesen tiltakoztak, és gyõztek is.